Dentre os maiores desafios podemos citar:
- Centralização: Esse com certeza é um dos maiores desafios, pois alguns gestores centralizam o poder e a tomada de
decisão, fazendo com que a empresa fique mais lenta e perca potencial
nos profissionais com maior grau de autonomia e às vezes com maior conhecimento administrativo pois não se sentem motivados com a exclusão nas decisões;
- O desafio de manter o controle acionário e mercadológico;
- O desafio da continuidade da empresa, ou seja, o desafio da Sucessão;
- Falta de um pensamento estratégico, pois em sua grande maioria, a empresa familiar possui agilidade nas ações e nas suas decisões, fazendo com que o pensamento estratégico seja levado em segundo plano;
- Falta de profissionalização: muitos processos e ferramentas são feitos de forma caseira, não utilizando o que já se tem de melhor no mercado para gerar mais lucro para a empresa;
- Oferecer benefícios individualizados sem política clara: o que a princípio é feito para ajudar, principalmente colaboradores em momentos difíceis, pode virar fonte de reclamação por parte dos demais.
- Falta de padronização nos procedimentos administrativos.




